Lembaga pemerintahan di Indonesia menganut teori Trias Politika yang artinya adalah, membagi kekuasaan pemerintah menjadi 3 bagian (lembaga). Dan ketiga lembaga tersebut memiliki kedudukan yang sejajar. Lembaga yang pertama yaitu lembaga legislatif (DPR). Kemudian yang kedua adalah lembaga eksekutif (presiden dan menteri-menteri). Dan lembaga yang ke-3 adalah lembaga yudikatif terdiri atas Mahkamah Agung dan Mahkamah Konstitusi.
Namun dalam prakteknya, selain lembaga yang telah disebutkan di atas, terdapat juga beberapa lembaga yang berdiri sejajar diantaranya adalah: Majelis Permusyawaratan Rakyat, BPK, dan Komisi Yudisial.
Berikut adalah penjabaran mengenai beberapa lembaga tertinggi yang ada di Indonesia.
